久しぶりの休暇のために、さびれた保養地サイレントヒルを訪れたハリー。 町を目前にして起こしてしまった事故から目覚めたとき、最愛の一人娘、シェリルが忽然と姿を消してしまっていた。
ハリーの目の前には、深い霧に包まれ、ひとけのないサイレントヒルの町が横たわっている。
娘の安否を気遣って、どうみても様子のおかしい町に敢然と乗り込んでいくハリーだが、行く先々で奇妙な生き物に襲われたり、数々の謎に出くわすことになろう。

この不気味な町のどこかにシェリルは消えてしまったのだろうか？
まるでハリーを誘うかのように点々と散らばる謎は何を意味しているのだろうか？
やがて全ての手がかりが、シェリルの行方を、サイレントヒルに何が起きたのかを、解きあかすときが来るのだろうか？